Software-Karte

!PerlPrimer は標準 PCR、重亜硫酸塩 PCR とリアルタイム PCR (QPCR) のためのプライマーの設計 Perl で書かれた GUI アプリケーションです。自動化およびプライマー デザインのプロセスを簡略化することを目指しています。

ユーザーフレンドリーのグラフィカルなフロント エンドの RAxML （Stamatakis、2006年) を用いた系統解析。ください引用： シルヴェストロ ミハラク (2012) - raxmlGUI: グラフィカルな RAxML のフロント エンド。生物多様性と進化 12、335-337。DOI: 10.1007/s13127-011-0056-0

AJT は、いくつかバイオインフォマティクス データ、グラフィック ファイルのエクスポート、GUI ウィジェット、および公式の Java API を追加長い必要があるクラスを処理するための java ユーティリティ クラスのセット。

EToS は (効率的な技術スパイクに続きます。細胞外記録するスパイクの列車） は、スパイクの並べ替えのためのオープン ソース システムです。EToS にはスパイク検出、特徴抽出とクラスタ リングのプログラムが含まれています。

信号と知能の研究室からソースコード http://fich.unl.edu.ar/sinc

イルミナ qseq ファイル Maq 用 Phred fastq ファイルに変換する perl スクリプトです。もともと UC リバーサイド、ユージン Goltsman によって適応からタイラー バックマン記入されました。GNU GPLv3 の条件の下で自由に利用できます。

エール大学病理ユバール クルーガーの研究室からのプロジェクトおよびアプリケーションの開発

座位マーカー遺伝子型のデータを用いた集団間の最近の移行率の推定

!HealthAgents は病院および脳腫瘍の診断と予後目指して侵襲手術を避けるために支援するために信頼性の高いツールと組織を提供するオープン ソース web ベース分散意思決定支援システム (DSS)

動作中のハードウェアがビルドされており、後半のベータ版の段階では。ソフトウェアも可能です。

このパッケージには、BBMap には、短いリードのアライナ、様々 な他 bioinformatic ツールが含まれます。それは純粋な Java で書かれて任意のプラットフォーム上で実行することができ、持たない依存関係よりもインストールされている Java （Java 7 向けにコンパイルされたが、再コンパイルして実行できる Java 6 に)。すべてのツールは、効率的かつマルチ スレッドです。BBMap: 短い DNA と RNA seq データのアライナを読みます。足場の何百万と任意の大きさのゲノムを扱うことができます。イルミナ, !PacBio, 454、およびその他の読み取りを処理します。非常に高い感度とエラーと大多数の indels の耐性。BBNorm: 造営尺度に基づく誤り訂正と正規化ツールです。ターゲット パーセント id を共有して重複している、または含まれるサブシーケンスを重複除外： アセンブリ簡素化されます。フォーマット： 再フォーマットを読み取ります fasta と fastq、スカーフ、fasta + qual、サム。インターリーブ/ペア;ASCII 33/64、以上 500 MB/s. BBDuk で: フィルターまたはトリム アーティファクト/汚染ファイルに造営尺度試合で読み取ります。共同ゲノム研究所によって使用されます。

エビ スイート グラフ ・ ベースのデータのインタラクティブな可視化を提供します。クレオール (Eclipse プラグイン) は Java ソース コードを視覚化します。ジャンバラヤ （門徒プラグイン） （フクロウを含む）、オントロジーを可視化する & スタンドアロン エビ国境なき記者団、GXL、PRJ、PPRJ ファイルを可視化します。

P2EMA (マイクロ サテライト分析を促進するために Perl のパイプライン)

"""E-セルのソース コード リポジトリは !GitHub に移動しました ！https://github.com/ecell E 電池開発は !GitHub 上で続けています。Subversion リポジトリは放棄されました。"""E-cell システムはモデリング、シミュレーション、および生物細胞などの大規模複雑なシステムの解析、オブジェクト指向のソフトウェア スイートです。多くのコンポーネントをモデルに共存する複数のアルゴリズムを異なるタイム スケールで駆動できます。