1.7.2 released（重要な変更あり） (Glang-users) - G-language

g.

1.7.2をリリースしました。

重要な変更が二つあります。これまでのバージョンのキャッシュを
クリアしないとうまく動作しない可能性がありますので、1.7.2を
インストールしたらG-language シェルでclear_cacheコマンドを
実行してください。

1. 遺伝子番号指定の汎用化

　いままで$gb->{FEATURE$i}と$gb->{CDS$i}で異なる情報を保持
　していたのを、一つに統一しました。これにあわせて、
　$gb->{$locus_tag}->{gene}や$gb->{$gene}->{type}
　などができるようになりました。

　例えば大腸菌だと、以下の４つで同じデータにアクセスできます。
	$gb->{FEATURE4}->{translation}
	$gb->{CDS2}->{translation}
	$gb->{thrA}->{translation}
	$gb->{b0002}->{translation}
　シェルで扱うときに画期的に便利です。

　これに伴い、$gb->get_geneseq()や$gb->next_feature()などの
　Prelude系関数でも、遺伝子名を直接与えることが出来るように
　なりました。
　　$gb->get_geneseq("recA")
　という感じに使えます。

　RAM使用量も減り、若干高速になっています。（いずれも数％程度）

2. $gb->find()の追加

　$gbの中身をキーワード検索できるようになりました。結果は
　FEATURE IDのリストとして返ってきます。

　例えば'RNA'と'tyrosine'に関係のあるfeatureを探したい場合、
　　@features = $gb->find('RNA', 'tyrosine'); 
　とすれば@featuresにFEATURE IDが入ります。

　特定のattributeに対して検索をすることもできます。
　　$gb->find(-type=>'CDS', -product=>'metabolism', 'subunit');

　つまり、
　　foreach my $cds ($gb->find(-type=>'CDS')){

　　}
　は
　　foreach my $cds ($gb->cds()){

　　}
　と同じです。

　Perlなので、当然正規表現も使えます。

　　$gb->find(-type=>'CDS', -EC_number=>'^2.7.');

　シェルの場合は、検索結果が見やすいかたちですぐに表示されます。お試しください。

　ちなみにこれ、本質的な部分ではないですが、Bluebirdの周辺機能です。　

＃1.7.xはこのようにコア部分に手を入れるので、魅力的な機能が多くなりますが、
＃ある程度不安定な可能性があることを承知の上で使って下さい。
＃不具合やバグレポートは大歓迎です。

主な変更点は以下の通り。

http://www.g-language.org/wiki/changelog#v.1.7.2_2007.08.30
===== v.1.7.2    2007.08.30 =====

        *now requires DBD::SQLite.
        *fixed importing bugs in G::Seq::GCSkew.
        *fixed File::ShareDir related bugs in glang and g2s
        *fixed set_operon() to match the current RegulonDB format. (patch by Hiroyuki Nakamura. Thanx:)
        *fixed line-break problem for $gb->output() (in G::IO::GenBankO)
        *added -circular option to $gb->getseq(), $gb->get_gbkseq() (see help command for details)
        *$gb->get_cdsseq() correctly handles joined CDS entry which spans across the ends of circular chromosome
        *$gb->{CDS$n} is no longer separate: it is now an alias (reference or pointer) to corresponding $gb->{FEATURE$i}.
        *using the above, $gb->{locus_tag name} and $gb->{gene name} now works! For example, in E.coli, all of the following can access the same data.

  $gb->{FEATURE4}->{translation}
  $gb->{CDS2}->{translation}
  $gb->{thrA}->{translation}
  $gb->{b0002}->{translation}

        *fixes in G::Prelude to take advantage of the above. For example, the following now works:

  $gb->next_feature("thrA");
  $gb->get_geneseq("thrA");
  $gb->startcodon("thrA");
  $gb->before_startcodon("thrA");

        *added $gb->find(). This method allows to search within the genome database instance $gb. See help for details.

Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan   Tel/Fax: +81-466-47-5099 

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