Bioperl is set of Perl Modules for bioinformatics. It contains objects for Sequences, features on Sequences, and other important bioinformatics attributes.
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Über 3000-Datei Änderungen in dieser Version, da die Entwicklung 1,2 Baum gegangen war von der Hauptstraße abzweigt. Mehrere neue HOWTOs sind zu finden unter http://bioperl.org/HOWTOs/. SimpleWebAnalysis, Bäume, Feature Annotation, OBDA Access und Flat-Datenbanken hinzu. Diese Pressemitteilung ist auch die Freisetzung von bioperl gepaart ext (C-Erweiterungen) und bioperl-run (Perl-Modul Wrapper viele gemeinsame compbio Anwendungen).
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Major feature enhancements
Over 3000 file changes have gone into this release
since the 1.2 development tree was branched off
from the main. Several new HOWTOs are available at
http://bioperl.org/HOWTOs/. SimpleWebAnalysis,
Trees, Feature Annotation, OBDA Access, and Flat
Databases were added. This release is also paired
with releases of bioperl-ext (C-extensions) and
bioperl-run (Perl module wrappers around many
common compbio applications).
Diese Version behebt einige Bugs in Bio:: SearchIO, Bio:: TreeIO, Bio:: SeqIO GenBank Parsing, mehrere Memory Leaks mit Features und Tree / Node-Objekte und einige weitere wichtige Änderungen Fehler in der Datei aufgelistet. Es fügt auch Unterstützung für GFF3 in Bio:: DB:: GFF, und die Anleitung für Bio:: Graphics werden aktualisiert, um den aktuellen API.
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Major bugfixes
This release fixes several bugs in Bio::SearchIO,
Bio::TreeIO, Bio::SeqIO genbank parsing, several
memory leaks with Features and Tree/Node objects,
and several more important bugs listed in the
Changes file. It also adds support for GFF3 in
Bio::DB::GFF, and the tutorial for Bio::Graphics
has be updated to reflect the most current API.
Zahlreiche kleine Fehler wurden behoben, so dass dies eine notwendige Update auf 1.2.1. Die OBDA Registry Code wurde erzogen spec haben zahlreiche OntologyIO dagflat Parser erzogen worden Schnupftabak, ein SearchIO:: blast Fehler, die letzten Berichte verfehlt wurde behoben, die Unterstützung wurde für ncbi eutils Veränderungen, Bio: Neu: TreeIO: : Newick können jetzt beschriftet analysieren inneren Knoten, mehrere Bio:: DB:: GFF-Fixes und neue Bio:: Graphics Glyphen zugesetzt worden sind, und Optimierungen wurden auf mehrere Parser in der detaillierten Änderungen vorgenommen Datei.
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Minor bugfixes
Numerous small bugs have been fixed, making this a necessary update to
1.2.1. The OBDA Registry code has been brought up to spec, numerous
OntologyIO dagflat parsers have been brought up to snuff, a
SearchIO::blast bug which missed last reports has been fixed, support
has been added for NCBI eutils changes, Bio::TreeIO::newick can now
parse labeled internal nodes, several Bio::DB::GFF fixes and new
Bio::Graphics glyphs have been added, and fixes have been made to
several parsers detailed in the Changes file.
WrapperBase sind nun einbezogen, so dass StandAloneBlast Arbeit aus der Auflösung. Bio:: festgesetzt worden war Koordination und aufgeräumt. Bio:: Index:: EMBL und bpindex wurden behoben.
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Minor bugfixes
WrapperBase is now included, making StandAloneBlast work from the release. Bio::Coordinate was fixed and cleaned up. Bio::Index::EMBL and bpindex were fixed.
Diese Pressemitteilung stellt Verbesserungen an verschiedenen Parser (Bio:: SearchIO, Bio:: SeqIO), eine Funktion auf vereinfachte Schnittstelle für das Toolkit (Bio:: Perl), und Verbesserungen in der Dokumentation. Mehrere neue Module einschließlich Unigene, LocusLink, OMIM Parser und Bio:: Versammlung für Montage-Daten. Es sind Korrekturen zu ermöglichen Bio:: DB:: GenBank / GenPept auf die neue ncbi Eutils Schnittstelle zu benutzen, alte Versionen von Bioperl und diese Module wird brechen, wenn ncbi der alten Web-CGI-Schnittstelle deaktiviert.
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Minor feature enhancements
This release represents improvements to various parsers (Bio::SearchIO, Bio::SeqIO), a simplified function based interface to the toolkit (Bio::Perl), and improvements to the documentation. Several new modules including Unigene, LocusLink, OMIM parsers, and Bio::Assembly for assembly data. There are fixes to allow Bio::DB::GenBank/GenPept to use the new NCBI Eutils interface; old versions of Bioperl and these modules will break when NCBI disables the old Web CGI interface.
