mtPaint-snapshot はあなたが見ている画面をキャプチャし、画像ファイルとして保存するのに使います。
mtPaint はコマンドラインから「-s」スイッチと共に起動することができます。このスイッチをホットキーへと割り当てることで理想的なキャプチャ機能が作り出せます。たいていは Print Screen キーへと割り当てられた状態で使っています。
そのキーを押すと、画像をキャプチャし mtPaint へと画像が読み込まれます。そうして編集や保存が可能になるのです。
おそらく、なぜマウスカーソルが変わったのか不思議に思うでしょう。その時点であなたが見ているのは mtPaint に読み込まれたデスクトップの画像なのです。その画像を編集・保存することもできますし、mtPaint を終了することもできます。