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こちらで調査した結果です。
半ボクセル建築物を調査した結果、１ボクセルに２つの建物が同居しているデータ構造となっている。
通常、１ボクセルは１人の所有者によって所有されている状態であるが、半ボクセル建築物の場合は、最大２件の建物が同居するため、所有者も最大２人となる。
元々、所有者は１人という考えで開発されているため、所有者に関しては１人分しか保持することができない。
そのため、既存の所有者変数には持てないため、別に保持するための変数を設ける必要がある。
また、そうなった場合はコンピュータ側が対象のボクセルに建築できるかどうかを判定するために所有者を確認しているが、その問い合わせは１ボクセル単位である。
従って、現在のインターフェイスでは１ボクセルに同居する２つの建物の所有者を確認することはできない。
暫定案としては、１ボクセル中に建設されている半ボクセル建築物のどちらかの所有者がプレイヤーである場合は、所有権あり、どちらもプレイヤーの所有物でない場合は所有権なしとして判定させる。
但し、この方法をとる場合は現在のセーブデータ上では所有者がないため、全てプレイヤーの所有物か、もしくは全てプレイヤーの所有物外とするしかない。
また、コンピュータがプレイヤーが所有する半ボクセル建築物のあるボクセルには建築できなくなる。

上記の調査結果より、現在の修正方法では
1.全ての半ボクセル建築物の所有者はプレイヤーの所有物となる。
2.コンピュータがプレイヤーが所有する半ボクセル建築物のあるボクセルには建築できなくなる。
の２点で問題があると思います。
上記の問題点をどうするか検討する必要があります。