s_kawamoto 常にCSVをバイナリモードで転送したい場合は、メニューから「オプション」の「環境設定」を選択し、「転送１」タブの「常にバイナリモード」が設定されていることを確認してください。もし「ファイル名で切り替え」が選択されている場合は「アスキーモードのファイル名」に*.csvが含まれていないことを確認してください。
現時点ではアスキーモードの改行コードは変更できません。改行コードは自動判別されるという1.97b以前からの仕様のようですが、将来的に自動か手動かを選択できるようにする予定です。
s_kawamoto への返信
コメントいただきありがとうございます。設定は自動判定モードではアスキーモードになってしまう為、バイナリモードにしておりますが、何故かアスキーモードでアップされてしまうという状態です。管理者実行で起動し直してもみましたが状況は変わらずでした。
s_kawamoto もしかして「アスキーモードのファイル名」に*.*が含まれているのではと疑ったりしてみたのですが、
そこで、明示的にバイナリモードでアップロードし直したのですが、 それでもアスキーモードで転送されてしまいます。
がどうしても再現できませんでした。
別のOSで正常に動作するという点で、恐らく両方のOSで設定が一致していないのではないかと思います。
お世話になります
いろいろと試したところ、結局、事象は解消しました（再現しなくなってしまいました）。
お騒がせして申し訳ありませんでした。
流れ
1.98b（WinXP）からINIファイルをバックアップしておき
1.98bをWin7にインストール、前出のINIファイルから設定を取得。
として接続を実行したところ本事象が発生。
画面を並べて確認しましたが、設定の違いは見受けられず・・・
解消方法
新規ホストを追加し、既存サーバーへの接続を全く同じ設定で手入力で作成し別名で保存して接続しましたところ
事象が起きなくなってしまいました。
s_kawamoto 一応解決したようですね。 今のところ原因は分かりませんが、OSではなくFFFTP側のバグの可能性が高いので後で検証したいと思います。 ご協力ありがとうございました。
s_kawamoto 
FFFTP
Fork
Windows7_Pro_32bit（管理者権限あり）
v1.98b
ありがたく使用させていただいております。
EXEバージョンからインストールし、基本的な設定は標準です。
テキストファイル（CSV）を「文字コードShift-Jis」で「改行コードLF」で作成し、
FFFTPでデータベースサーバに自動判別モードでアップロードしたところ、
FFFTPの転送ログ上でアスキーモードを選択してしまったようで
改行コードがCR+LFに変わってしまいました。
そこで、明示的にバイナリモードでアップロードし直したのですが、
それでもアスキーモードで転送されてしまいます。
同じファイルをWindowsXP_SP3のクライアントから（v1.98b）
同じ設定（接続設定・環境設定共）でアップ（自動判別）するとバイナリモードで転送されます。
これは不具合？なのでしょうか。
そのほか必要な情報がありましたらご指示いただけ次第ご報告させていただきます。